Trong năm 58 CN, vua Vologases I của Parthia đã tiến hành xâm lược Armenia, một vương quốc chư hầu của Roma. Nero sau đó đã ra lệnh cho Gnaeus Domitius Corbulo, viên legate mới của Cappadocia, giải quyết vấn đề này. Corbulo đã đem theo quân đoàn IIII Scythica cùng với III Gallica và VI Ferrata, ông đã đánh bại người Parthia, khôi phục lại ngai vàng Armenia cho Tigranes VI. Trong năm 62, IIII Scythica và XII Fulminata đã nằm dưới sự chỉ huy của viên legate mới là Lucius Caesennius Paetus, họ sau đó đã bị người Parthia đánh bại trong trận Rhandeia và buộc phải đầu hàng. Sau đó, quân đoàn đã phải chịu sự sỉ nhục và nó đã được chuyển đến Zeugma. Thành phố này sẽ là căn cứ của IIII Scythica trong thế kỷ tiếp theo.

Trong năm Tứ hoàng đế (năm 69 CN), quân đoàn cũng như phần còn lại của quân đội phía Đông đã đứng về phía Vespasianus ngay lập tức. Mặc dù đã chứng minh lòng trung thành của mình, IIII Scythica lại không tham gia vào các trận chiến bởi vì nó không được coi là một quân đoàn tinh nhuệ.